تأسس قسم العمارة والتخطيط العمراني بكلية الهندسة في جامعة قناة السويس في عام 1994م. حيث تم تشكيل لجنة ثلاثية للإعداد المناهج الدراسية ولائحة القسم، ومتابعة إجراءات الموافقة على تأسيسه، برئاسة الأستاذ الدكتور فاروق عبد القادر عميد الكلية في ذلك الوقت، وعضوية كل من الدكتور عصام الدين بدران والدكتور مجدي البسطويسي. تم إقرار إنشاء القسم من قبل المجلس الأعلى للجامعات في نهاية عام 1994م. عقب ذلك، تم إعداد التصور الخاص باللائحة والهيكل الوظيفي المقترح لأعضاء هيئة التدريس، والإعلان عن الوظائف الشاغرة. في سبتمبر 1995، تم فتح الشعبة الطلابية للقسم للعام الجامعي 1995/1996م، ليتم تخريج أول دفعة من طلاب القسم في يونيو 1999م.
مع بداية القرن الحادي والعشرين، صدر قرار الأستاذ الدكتور رئيس الجامعة في 2001م بفتح فرع لكلية الهندسة ببورسعيد في الإسماعيلية تحت الفصول الدراسية هناك. بدأت الدراسة بالفصول الدراسية في العام الجامعي 2001/2002م، بثلاثة أقسام علمية من بينها قسم العمارة والتخطيط العمراني. ثم صدر قرار رئيس الجمهورية رقم 317 لسنة 2009 بإنشاء كلية الهندسة بالإسماعيلية، لتبدأ الدراسة في كلية هندسة الإسماعيلية في العام الجامعي 2009/2010م، متضمنة قسم العمارة والتخطيط العمراني. في عام 2010م، تم إعلان انفصال فرع جامعة بورسعيد ليصبح جامعة مستقلة، لتبقى كلية الهندسة بالإسماعيلية الكلية الوحيدة والرئيسية في جامعة قناة السويس.
في العام الجامعي 2011/2012م، تم اعتماد لائحة الدراسات العليا بالكلية، ليبدأ برنامج الدراسات العليا في قسم العمارة والتخطيط العمراني في العام الجامعي 2012/2013م. حتى الآن، قامت كلية الهندسة بالإسماعيلية بتخريج تسع دفعات من المهندسين على مستوى مرحلة البكالوريوس، التحق غالبية خريجيها بالمؤسسات الصناعية، وقطاعات المقاولات، والمكاتب الاستشارية، والهيئات العلمية داخل مصر وخارجها.